妇产科
中国协和医科大学妇产科学系（医院妇产科）是国家卫生部命名的林巧稚妇产科研究中心，国家级重点学科，全国妇产科疑难重症诊治中心，国家教委博士学位授予点，妇产科博士后流动站，卫生部妇产科住院医师培训基地，国家药品监督管理局妇产科药物研究基地，国家级妇产科继续教育基地。妇产科人才济济，梯队完善，专业齐全，学科发展平衡，实验室装备精良，教学具有特色以及独特的地位与作用。
医院妇产科专业分组：产科、妇科常规、妇科肿瘤、生殖内分泌、计划生育、绒癌。各专业组均有教授为组长，并请经验丰富的著名专家作顾问，已经形成了各自的特点，有着明确的研究方向，都有独到的建树。
放射科
医院放射科已形成种类齐全、设备先进、人员梯队合理的现代医学影像学体系，自年以来连续3医院专科声誉排行榜放射科第一名。医院放射科是中国最早成立的放射学科之一，曾经拥有一大批中国著名影像学家，在国内率先开展了多种放射影像诊断和治疗技术，举办过多种全国性专业学习班，为促进我国放射-影像学事业的发展和影像专业人才的培养作出了重要贡献。年通过国家教委评审成为国家重点学科，是国家级继续教育基地和北京市住院医师培训基地。目前科室在岗正式职工人，包括诊断组、护理组、技术组、登记保管组，其中正高职称12人、副高职称15人，其余为初中级职称，梯队合理。80%以上的科室医师具有硕士以上学位。
风湿免疫科
医院风湿免疫科由“中国风湿病学之父”张乃峥教授于年建科，以“科研为龙头，教学为基础，医疗为根本，平台是基石，资源是未来”为理念，历经近四十年发展，目前在职教授16名、副教授11名（博士研究生导师11人，硕士研究生导师12人），主治医师13名，专职实验室人员9名，年门诊量15万人次，开放床位68张，年收治患者人次，成为全国公认的“疑难危重风湿病诊治中心”。
作为首个国家教委风湿病学博士/博士后培养单位、风湿病学重点学科单位，卫生部住院医师培训基地、国家级风湿免疫科专科继续教育基地、国家级风湿药物临床试验基地，近5年连续被认定为教育部风湿免疫病重点实验室、国家风湿免疫病临床重点学科、国家免疫疾病临床医学研究中心、亚太抗风湿病联盟“卓越中心”称号。医院管理研究所公布的“医院风湿专科排行中连续10年蝉联榜首，《医院科技影响力排行榜》连续7年专科第一名。
重症医学科
医院重症医学科是中国重症医学的发源地，也是国内最具影响力的学术中心。三十余年来，医院重症医学科无论在重症医学最早的传播，早期学科雏型的建立，人才培养，还是此后学科的规范与快速发展，并真正成为一门学科，都发挥了不可替代的作用。医院重症医学科在专业上始终保持国内领先水平，成为国内最为重要的重症医学中心和医疗、护理继续教育中心。科主任刘大为教授是中华医学会重症医学分会第一、二届主任委员，国家重症医学质控中心。科室在国家临床重点专科建设项目排名第一；在、年复旦大学中国最佳专科排名中，均名列全国重症医学专业第一名。
神经科
肌肉病、感染与脑脊液细胞学、神经免疫、神经遗传和睡眠），开设9个特色门诊（神经肌肉病门诊、肌张力障碍和肉毒毒素治疗门诊、帕金森病和老年痴呆门诊、癫痫门诊、脑血管病门诊、运动神经元病、重症肌无力门诊、多发性硬化门诊和头痛门诊等），为广大患者提供高水平的医疗服务。连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。
科室专业设置齐全，技术力量雄厚。临床基本功扎实，总体实力强，特别在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位，吸引了大量来自全国各地的疑难病患者。科室现有床位90余张，每年门急诊接治患者超过16万人次，住院患者余人次。神经科专科实验室设置齐全，肌电图与脑诱发电位、神经病理、脑电图、经颅超声多普勒、神经生化和免疫、分子生物学实验室均为国内翘楚，为患者诊治提供高水平的实验室辅助检查。
急诊科
医院急诊科承担着院内急诊与急救服务重任，从年建科以来，经过30余年的建设与发展，急诊科建立了完整的服务体系，已成为具备合理人才梯队和临床应急能力的专业平台科室，医疗技术、急诊医学教育及学术研究水平均居国内领先。目前是中国医师协会急诊医师分会会长单位、中华医学会急诊医学分会前主任委员单位、北京市急诊质量控制和改进中心主任委员单位、国家卫生计生委急诊质控中心主任委员单位。
医院急诊科现拥有三十余名急诊医生和一百余名急诊护士，包括主任医师3人、副主任医师5人，博士生导师3名，硕士生导师3名，急诊专科医师35人，中青年医师占70%以上，90%以上的医生有国外培训经历。
变态反应科
医院变态反应科是中国临床变态反应学的发源地和摇篮。医院变态反应科在历届主任张庆松、叶世泰和张宏誉教授的领导下，几十年来，在医疗、科研、教学和中华医学会变态反应学分会的创建等方面做了许多开创性的工作，对中国变态反应事业的发展做出了重要贡献。
建科55年来，经过几代人的努力，医院变态反应科已逐渐成为中国变态反应学科的医、教、研中心，在过敏反应性疾病的诊断、治疗及基础研究方面居国内领先水平，在国际也有一定影响。医院变态反应科在中国老百姓心中享有较高的声誉，看过敏性疾病去医院变态反应科已成为全国过敏性疾病患者的共识，科室年门诊量近7万人次，高峰季节日门诊量近人次，患者来自全国各地。
普通外科
医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩，涌现出很多全国甚至国际闻名的医学专家，比如曾宪九、朱预、费立民、蒋朱明、钟守先、赵玉沛教授等。基本外科成立于年，是与我院院龄相同的核心科室之一。自20世纪80年代以来，在历任主任及学科带头人的领导下，根据基本外科的特点，在国内最早细化建立专业组：包括胰腺、胆道、胃肠、血管、乳腺、肝脏、外科营养、重症及相关临床专业实验室。经过几十年几代人的不懈努力，现拥有张病床及2个分子生物学实验室，已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心，拥有结构合理、素质优秀的人材梯队，多名专家在中华医学会和国内外杂志担任各种领导职务。
核医学科
医院核医学科创立于年，是我国最早成立的临床核医学科之一。五十年来，经过以王世真院士、周前教授等为代表的几代协和核医学工作者的不懈努力，医院核医学科逐步发展成为在国内外具有重要影响的核医学医疗、研究与培训中心，为核医学在我国的引进诞生、发展壮大和人才培养作出了突出贡献。
目前，科室拥有PET显像专业组（PET中心）、SPECT显像专业组、核素治疗专业组、体外测定专业组、放射性药物专业组及实验核医学研究专业组。开展了常规诊断、治疗项目80余项，是国内开展核医学常规诊断、治疗诊疗项目最齐全、数量最多的科室之一。其中多个诊疗项目为国内最先创立。