肿瘤异质性是一个非常复杂的课题，至今尚未完全明确。
乳腺癌肿瘤异质性较为常见，是指乳腺肿瘤在生长过程中，经过多次分裂增殖，其子细胞呈现出分子生物学或基因方面的改变，从而使肿瘤的生长速度、侵袭能力、对药物的敏感性、预后等各方面产生差异。
肿瘤内异质性又有空间异质性（相同肿瘤不同区域不同）与时间异质性（原发性肿瘤与继发性肿瘤不同）之分。
肿瘤异质性可分为肿瘤间异质性和肿瘤内异质性两类。前者指的是不同肿瘤的细胞之间的基因与表型不同，后者指的是相同肿瘤的不同细胞之间的基因与表型也不同。通常谈论的肿瘤异质性指的是肿瘤内异质性。
学术理论不大容易理解，下面我们用一个浅显易懂的例子来解释说明。
举个例子，恶性肿瘤就像一个坏了的土豆，这个坏土豆最初可能是因为被虫子咬了，导致它的免疫屏障遭到破坏，容易受到外来的感染。假设最初感染土豆的是霉菌，而且霉菌导致了土豆的大部分受侵，也就是说大部分土豆都是同一种类型的致病菌，但随着时间的延长和土豆自身免疫力进一步下降等综合因素，某一种或多种其他细菌也趁虚而入，这就导致这个烂土豆存在了病变异质性（肿瘤异质性），这时如果及时采取治疗方案，用上了针对霉菌的药物，治疗效果理想，霉菌都被杀灭了，而细菌仍然存在，剩下的烂土豆再化验就显示出与治疗前不同的病变类型（病理类型），此时就需要兼顾细菌感染再行进一步治疗或巩固治疗。
#图文万粉激励计划#从上面这个例子可以看出肿瘤异质性在临床上常常表现在乳腺癌的诊断、治疗方案的设计、疗效评估，以及预后等方面。病理诊断上的异质性是指一个切下来的乳腺肿瘤送到病理科，病理科医师从肿瘤的不同位置取材可能显示出不同的病理免疫组化结果，也就是会有不同的乳腺癌分子分型。治疗上的异质性常常表现为在根据初诊时的病理免疫组化类型设计治疗方案治疗后（例如新辅助化疗后），再行手术切除病变后的病理免疫组化结果与术前不同。临床医生需要充分考虑具体病例的肿瘤异质性，兼顾同一肿瘤不同的异质性表达类型设计治疗方案，以期达到最佳的治疗效果。